コラーゲンといっても、その原料は様々です。サプリメントには、一般的には魚の皮やうろこ、豚の皮を原料としたものが多く使われていますが、その他、牛やすっぽんを原料としたものなどもあります。ただ、各商品のメーカー毎に表記の仕方がバラバラのため、同じ原料を使用していても、それが分かりにくいことが多いようです。また、原料によって性質が異なるため、長所と短所も有ります。

魚を原料としたものは、
・魚由来のコラーゲン
・フィッシュコラーゲン
・海洋性コラーゲン
・マリンコラーゲン
・オーシャンコラーゲン

などと呼ばれ、吸収が早く、脂肪が少ないという長所がありますが、熱に弱く、臭いが残りやすいという短所もあります。
ただ、狂牛病など感染症のリスクがほとんどなく、安全性が高いという点で最近のコラーゲン市場では人気が高くなっている傾向にあります。

一方、豚を原料としたものは、
・豚由来のコラーゲン
・アニマルコラーゲン
・動物性コラーゲン

などと呼ばれ、人に一番近いアミノ酸構造を持っていて馴染みやすいコラーゲンです。熱にも強く、臭いも少なめな点は長所ですが、吸収が遅く、先述のような安全性の心配がある点が短所とされています。

ただ、魚だから安全かと言われれば、海洋汚染の問題や腐ったものを使用していないか、など気にしだすと切りがありません。豚を使っていても、厳しい検査基準を設け、しっかり管理され飼育された豚であれば、高い安全性が認められます。また、魚を原料としたコラーゲンを使っているメーカーさんは、その技術で臭みを取り除くという加工を行っているはずです。
結局のところ、どちらが優れているのか、というのは、その企業の努力による部分ですので、気になる場合は直接メーカーさんに問い合わせてみるのがいいでしょう。